Крах парламентской формы правления. С выводом последних подразделений французских войск из Сирии единство, существовавшее среди лидеров национального движения, было нарушено, и появились четыре силы, которые начали борьбу за власть в стране. Крупные землевладельцы и богатые торговцы, наживавшиеся на нехватке зерна и промышленных товаров в военное время, контролировали Национальную партию и парламент. Независимые мелкие товаропроизводители, сосредоточенные в алавитских и друзских районах, а также бедные и безземельные крестьяне центральных равнин критиковали коррупцию и кумовство, царившие среди прежних лидеров, и выступали за реализацию политических и экономических реформ. В начале 1947 крестьянское движение, возглавляемое Акрамом Хаурани, инициировало кампанию по изменению закона о выборах в парламент. В ответ Куатли (президент страны с августа 1943) ввел чрезвычайное положение и ограничил деятельность Арабской социалистической партии Хаурани и панарабской Партии арабского возрождения, которой руководили Мишель Афляк и Салях Битар. Это обеспечило победу кандидатов Национальной партии на парламентских выборах в июле 1947 и переизбрание Куатли президентом.

С 1948 началось дробление Национальной партии по региональному принципу (Дамаск и Халеб). Обе фракции стали искать расположения крупных землевладельцев, которые могли привлечь голоса сельского электората. Политическая борьба вокруг усилий правительства по внесению таких поправок к конституции, которые позволили бы президенту Куатли остаться на второй срок, помешала Сирии противостоять эскалации гражданской войны в Палестине. После провозглашения Государства Израиль в мае 1948 сирийская бригада вторглась в Северную Галилею, оказавшись единственным арабским воинским соединением, которому удалось продвинуться вперед во время первой арабо-израильской войны. Однако сразу после прекращения огня в парламенте в адрес исполнительной власти были выдвинуты обвинения в некомпетентности и незаконном присвоении финансовых средств. В конце ноября забастовка учащихся школ и студентов университета переросла в массовые беспорядки. Правительство было вынуждено уйти в отставку, а начальник генерального штаба полковник Хусни аз-Заим приказал войскам восстановить порядок. В стране было введено чрезвычайное положение.

После обретения Сирией независимости создание собственных вооруженных отрядов стало средством улучшения экономического и социального положения представителей различных меньшинств, особенно алавитов и друзов, которые начиная с 1946 активно поступали в военную академию в Хомсе. Молодые выпускники академии постепенно становились более нетерпимыми к старой элите, от которой их отделяли сословное происхождение и региональная принадлежность. Растущее недовольство в рядах армии подтолкнуло высшее командование, многие представители которого были горожанами-суннитами, выступить в поддержку социальных преобразований и солидаризироваться с лидерами национального движения в соседних арабских государствах. Зимой 1948–1949 на волне недовольства населения и депутатов парламента военным поражением в Палестине группа высших офицеров во главе с аз-Заимой свергла законно избранное правительство.

Придя к власти в марте 1949, аз-Заим отменил конституцию 1930, запретил деятельность политических партий и стал править с помощью указов. В июне он провозгласил себя президентом, но уже в середине августа был убит своими противниками в вооруженных силах во время повторного военного переворота. Руководитель переворота полковник Сами Хинауи объявил о восстановлении гражданского режима и проведении выборов в Народный совет, которому предстояло создать новую конституцию. На этих выборах, на которые впервые были допущены женщины, парламентское большинство получило Халебское отделение Национальной партии, называвшее себя Народной партией по имени организации, действовавшей на севере Сирии в 1920-е годы. Ее депутаты, многие из которых имели тесные торговые и финансовые связи с северными областями Ирака, выступили за политический союз с этой страной. Однако противники союза, в частности Хаурани и высшие армейские чины, блокировали нормальную работу вновь избранного парламента в течение двух последних месяцев 1949. В итоге 19 декабря молодые офицеры во главе с полковником Адибом Шишекли в попытке найти выход из создавшейся ситуации сместили Хинауи.

Шишекли возобновил деятельность парламента и обратился к нему с просьбой продолжить работу над проектом конституции. Новая конституция, обнародованная 5 сентября 1950, провозглашала парламентскую форму правления, декларировала широкие гражданские права и проведение социально-экономических реформ. Однако Шишекли и его соратники, стоявшие за кабинетной чехардой 1950–1951, обратились к жестким мерам в попытке поставить под свой контроль возрождавшиеся профсоюзы и крестьянское движение. В ноябре 1951 они распустили парламент и приостановили действие конституции. В течение шести месяцев руководство страной осуществлялось военными в отсутствие правительства. В апреле 1952 были запрещены политические партии. В 1953 Шишекли обнародовал новую конституцию и стал президентом после референдума.

Военно-гражданская коалиция, пришедшая к власти в феврале 1954, выдвинула на пост премьер-министра Сабри аль-Асали, правительство которого вернуло силу конституции 1950 и разрешило деятельность политических партий. В сентябре 1954 были проведены выборы в парламент, в котором значительную часть мандатов завоевала Партия арабского социалистического возрождения, образовавшаяся в результате объединения Арабской социалистической партии Хаурани и Партии арабского возрождения Афляка и Битара. Однако «левые» силы не смогли договориться о создании на коалиционной основе правительства, которое в конце концов сформировал Фарис аль-Хури. В феврале 1955 Фарис аль-Хури на посту премьер-министра сменил лидер Национальной партии Сабри аль-Асали. Правительство немедленно объявило о проведении широких реформ в промышленности и аграрном секторе. Напуганные такой перспективой, а также звучавшими со стороны Баас и коммунистов требованиями дальнейших кардинальных преобразований, консерваторы в парламенте блокировали предложенный закон о правах сельскохозяйственных рабочих и начали кампанию в пользу бывшего президента Куатли, который вскоре вернулся в страну из Египта, где находился в изгнании. На выборах в августе 1955 президентом страны при поддержке Саудовской Аравии был избран Куатли.

В начале 1950-х годов, в результате проводимой США ближневосточной политики, Сирия была втянута в «холодную войну». В 1955 страна присоединилась к Египту в его борьбе против созданного Турцией, Ираком и Пакистаном под покровительством США и Великобритании Багдадского пакта (позднее – Организации Центрального Договора, СЕНТО). В декабре Сирия стала вторым (вслед за Египтом) государством арабского мира, подписавшим с СССР соглашение о поставках военной техники. В 1955–1956 Сирия достигла договоренности с Египтом об объединении военного командования и создании общего Военного совета. Суэцкий кризис 1956, приведший к совместному британско-французско-израильскому вторжению в Египет, еще больше укрепил двусторонние связи.

Тесные связи страны с Египтом вместе с попытками США и Ирака подорвать позиции ее руководства укрепили влияние начальника сирийской военной разведки полковника Абд-аль-Хамида Сараджа. Его агенты в 1956 раскрыли тщательно подготовленный заговор, за которым стояли спецслужбы Багдада. Опасность положения стала очевидной в августе 1956, когда иракское оружие было тайно переброшено в горы Эд-Друз. В декабре 47 видных членов Народной партии, имевших тесные связи с иракскими торговцами, предстали перед военным трибуналом по обвинению в измене. Премьер-министр аль-Асали вывел из кабинета представителей Народной партии, заменив их антиамерикански настроенными независимыми политиками. США попытались дестабилизировать деятельность нового правительства, предложив американскую пшеницу на традиционных сирийских рынках – в Греции и Италии. Это привело к усилению народной поддержки партии Баас, которая обвинила США во вмешательстве во внутренние дела Сирии. Тем временем раскрытие американских планов свержения Куатли и захвата власти прозападной военной хунтой заставило Сараджа и начальника генерального штаба совершить визит в Каир с целью обсуждения возможной помощи со стороны Египта. В конце 1957 политические игры проамериканских, проегипетских и просирийских деятелей привели к отсрочке муниципальных выборов. В январе 1958 начальник генерального штаба Афиф аль-Бизри предпринял тайную поездку в Египет, обратившись к Абделю Насеру с предложением немедленно объединить Сирию и Египет в единое государство. В феврале Куатли вылетел в Каир, где было объявлено о создании Объединенной Арабской Республики (ОАР).